盟旗制度是清朝为分化蒙古族，控制其上层贵族而实行的政治制度。天命九年(1624)后金统治者对归附的蒙古部众，按八旗组织原则在其原有社会制度基础上编制旗分，后复以此办法陆续安置归附的蒙古诸部。至乾隆三十六年(1771年），土尔扈特部蒙古返归中国后，全蒙古部众悉数被纳入盟旗体制。此制自初置至完备，历时一百四十多年。
盟（蒙语：аймаг）为旗的会盟组织，合数旗而成。每盟设盟长一人、副盟长一人，原由盟内各旗札萨克在会盟时推举，后改由理藩院就盟内各旗札萨克中签请皇帝派人兼摄。喀尔喀蒙古各盟是在部的基础上建立的，所以部长又是盟长。
盟并非一级行政机构，盟长的主要任务是充当三年一次的会盟召集人，履行比丁、练兵、清查钱谷、审理重大刑名案件等职责，但无发兵权，不能直接干涉各旗内部事务，也无权向各旗发布命令，只是对盟内各旗札萨克实行监督，有责任随时告发札萨克的不法或叛逆行为。厄鲁特蒙古各盟则不设盟长，其盟务由该管地区将军或办事大臣直接掌管。
旗（蒙语：хошуу）是清廷设在蒙古地区的行政、军事单位，也是清朝皇帝赐给旗内各级封建主的世袭领地。旗是经过编织佐领，安置属民，分给牧地，划定旗界，任命札萨克形成的。任命札萨克时，不但要考虑在部内的影响及地位，而且还要考虑对清廷是否忠顺有功。