万寿山为燕山余脉，高58.59米，海拔108.94米，前临昆明湖。明弘治七年（1494）孝宗的乳母助圣夫人罗氏在山前建园静寺，清初，曾作宫廷养马的草料场。乾隆十五年（1750）为庆祝皇太后六十寿辰于园静寺旧址建大报恩延寿寺。次年将山改名为万寿山。并将开拓昆明湖的土方按照原布局的需要堆放在山上，使东西两坡舒缓而对称，成为全园的主体。建筑群依山而筑，现存的是英法联军烧毁后慈禧重新建造的。从山脚的“云辉玉宇”牌楼，经排云门，二宫门，排云殿，德辉殿，佛香阁，直至山顶的智慧海，形成一条层层上升的中轴线。
今之万寿山，元朝名瓮山。传说有一位老人在山上掘出一装满宝物的石瓮而得名。山前有湖名瓮山泊。公元1292年（元朝至元二十九年），科学家郭守敬开挖通慧河，将昌平及西山一带泉水汇引湖内，注入宫墙，接济漕运，瓮山泊始成为调济京城用水的蓄水库。由此至明，环湖先后建有多座颇具影响的寺观，其中尤以湖西北岸的“大承天护圣寺”规模最大。万寿山楼宇恢弘，汉白玉钓台延入湖中，元朝皇帝常至此泛舟游幸，捕鱼垂钓。