菌落，是指由单个微生物细胞或一堆同种细胞在适宜固体培养基表面或内部生长繁殖到一定程度，形成以母细胞为中心的一团肉眼可见的、有一定形态、构造等特征的子细胞集团。各种微生物在一定条件下形成的菌落特征，如大小、形状、边缘、表面、质地、颜色等，具有一定的稳定性，是衡量菌种纯度、辨认和鉴定菌种的重要依据。菌落特征与微生物的菌体形态结构特征密切相关。例如，细菌、酵母菌不形成菌丝，其菌落仅生长在固体培养基表面，与培养基结合不紧密，可用接种工具将其全部挑起；而放线菌、霉菌的菌体大多分化为营养菌丝与繁殖菌丝，营养菌丝深入培养基中吸取营养，具有与培养基结合较紧，不易挑起等特征。
通常是细菌在固体培养基上（内）生长发育，形成以母细胞为中心的一团肉眼可见的、有一定形态、构造等特征的子细胞的集团，称之为菌落。